傳統方法一般為用濕熱蒸汽滅菌，需要對物料加溫到121 ℃，保持20 min以上方能將細菌殺死。由于濕熱滅菌熱傳導是由外而內，為達到這一目標，就需要有很長時間的加熱時間，包括對物料長時間的升溫過程，全部滅菌周期一般需要1～1.5 h方能完成，能源消耗高，效率較低。 微波滅菌是對物料內外同時進行加熱，內部溫度高，熱傳導是由內向外的，升溫均勻而加熱迅速，時間較短，如采用微波滅菌，可使：
(1)大腸桿菌和枯草桿菌在微波場中只要加溫至70℃，保持2 min就能被全部殺死；
(2)濕熱枯草脂肪桿菌，在微波場中，溫度70℃，保持2min，即被殺死。 有人做過口服溶液劑微波滅菌試驗：含菌量高達350萬個大腸桿菌的口服溶液，密封在1～2 ml的安瓿中，經3～5kW功率，2450 MHz的微波作用15 s以上，安瓿溫度接近110℃左右時，可將細胞細菌全部殺滅。金黃色葡萄球菌于此結果近似。
枯草桿菌芽胞，含量為6萬～8萬個，液溫必須達到140℃，保持20s以上才能殺滅。含2 000～3 000個青菌胞子的口服溶液，在3～4kW微波功率作用下，液溫達到120℃以上，經20～23s，即殺滅。 用微波殺菌，藥品的有效成分不會分解，用傳統的方法殺菌，藥品的有效成分分解顯著據估計，用微波設備對口服液進行滅菌處理的廠家很少，如果大家都能用微波設備進行滅菌處理，不僅可以提高產品的品級，克服口服液存在的質量問題，而且可以節省大量的人力和物力資源。
由于微波加熱干燥與常規干燥方法相比，有著顯著的優越性和良好的經濟效益，因而近年來微波加熱干燥在制藥工業中得到進一步應用。