微波殺菌設備的殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變化，使細菌失去營養，繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。

　　微波殺菌的特點：

　　低溫殺菌保持營養成份和傳統風味，微波能穿透物料內部，頻率為2450MHz，以每秒24億5千萬次振蕩，通過特殊的熱和非熱效應殺死細菌，與常規熱力殺菌比較能在比較低的溫度和較短的時間，就能獲得所需的消毒殺菌效果。實踐證明，一般在70℃就可全部殺死大腸桿菌，在80～90℃細菌總數大大降低，時間只需2～3分鐘。速度快，時間短，因此保留食品中的營養成份、傳統風味。延長保質期，對提高產品質量有顯著的效果。

　　此外，微波殺菌設備能使細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核糖核酸[RNA]和脫氧核糖核酸[DNA]，是由若干氫鍵松弛，斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變甚至斷裂。

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